Sin embargo estas poseen costos muy elevados (alrededor de 200 pesos la dosis) y se han reportado algunos casos de intususcepción relacionados a la vacunación.
La obstrucción del intestino también puede ser un resultado de vólvulo, la presencia de cuerpos extraños en el tracto digestivo, la intususcepción, infección y defectos congénitos.
Algunos estudios han mostrado un ligero incremento de casos de intususcepción una semana después de recibir la primera dosis de la vacuna contra el rotavirus.
Esta nueva vacuna no posee el riesgo de intususcepción (la entrada de una porción del intestino dentro del mismo intestino) que tenía la vacuna anterior.